|
Вспомним, что перейдя от расшифровки генома человека к сборке генома мыши, мы вообще игнорировали данные государственной программы в GenBank, а пользовались только собственной информацией, полученной методом дробовика. С помощью усовершенствованной программы сборки мы получили более качественные результаты, чем в случае генома человека. Ари Патринос, входивший тогда в группу пяти компаний, перечитал статью Ландера в PNAS и констатировал, что «откровенно говоря, она производит грустное впечатление. Метод прекрасно работал, что и было доказано его применением для расшифровки мышиного генома». Даже мой старинный недруг Майкл Морган признал, что «плевать против ветра следует с большой осторожностью. Все эти статьи тем или иным образом навредили их авторам». После публикации нашего второго опровержения мне стало ясно, что единственный способ победить в научном споре – это использовать реальные данные[225]. Я связался с Майком Ханкапиллером из ABI . Также расстроенный выступлениями наших конкурпентов, он был готов к бою за истину. Помня о всех наших конфликтах с Applera и Тони Уайтом по вопросу о публикации данных, я добавил к нашему договору о покупке новых секвенаторов ДНК у ABI юридически обоснованное соглашение, предоставлявшее нам неограниченное право публиковать свои данные (полученные Celera) , в том числе на общедоступных сайтах. (В 2005 году Celera прекратила продажу информации о геноме и стала размещать ее в открытом доступе.) Кроме того, по данному соглашению мой институт получал полный комплект данных о геноме человека для использования в научных целях. После подписания соглашения мы провели обширную совместную работу с учеными, оставшимися в Celera , с целью сравнить сборку полного генома этой компанией с другими версиями, включая «окончательный» результат государственной программы. Это сотрудничество возглавил Сорин Истраил, один из ведущих сотрудников группы Джина Майерса, который к тому времени получил должность заведующего отделом биоинформатики в Celera . Проведение анализа заняло больше года и потребовало разработки множества новых вычислительных методов, которые позволили бы впервые сравнить полные геномы человека. Я поделился своими планами с одним из редакторов PNAS , который выразил удовлетворение нашим переходом к политике открытой публикации данных и заявил, что готов помочь в разрешении спора, опубликовав результаты совместного проекта в виде статьи. Наши данные однозначно доказывали точность полной сборки генома методом дробовика. Эта работа, опубликованная в начале 2004 года, позволила тщательно сравнить геномы, расшифрованные нами и участниками государственной программы. Результаты Celera отличались большей упорядоченностью и ориентированностью, а сборка государственного консорциума полнее охватывала повторы. Лаборатории, получавшие средства от государства и Wellcome Trust , вели работу над уточнением своей версии генома в течение четырех лет, что обошлось примерно в 100 миллионов долларов. Сравнительный анализ показал, что на каждом этапе этих исследований «государственная» версия становилась все ближе к версии Celera в плане как последовательности, так и ориентации фрагментов. Расшифровка Celera , в сущности, ликвидировала многочисленные пробелы в «окончательном» геноме, о получении которого участники государственной программы с большой помпой объявили в журнале Nature в 2004 году[226]. Мы же опубликовали свою статью без всяких заявлений для прессы, считая, что полученные данные говорят сами за себя[227]. — 311 —
|